В 1991 году, когда Центральноазиатские государства обрели независимость, регион вступил в динамичный мир свободного рынка и демократии. Новое поколение представило свежий взгляд на использование экономических ресурсов, распространение информации и реализацию личной свободы в условиях открытого общества. Эта волна перемен стала основой для инноваций в образовании, что привело к созданию Кыргызско-американского факультета (КАФ) при Кыргызском государственном национальном университете (КГНУ) в 1993 году.
Вскоре КАФ начал стремительно развиваться, и ему стало тесно в рамках факультета КГНУ; возникла необходимость в его преобразовании в независимое учреждение. В 1997 году, по указу Президента Кыргызстана, КАФ был преобразован в Американский университет в Кыргызстане (АУК), и для управления новым университетом был создан независимый международный Совет попечителей.
АУК быстро завоевал международное признание как университет, основанный на принципах свободы и критического мышления. Этот новый подход к образованию в Центральной Азии привлек в университет молодых ученых из тридцати стран. В 2002 году, когда миссия университета и его видение будущего вышли за прежние рамки, чтобы отразить его региональное значение, Совет попечителей решил переименовать его в Американский университет в Центральной Азии.
С момента своего основания, АУЦА зарекомендовал себя как учреждение, преданное демократическим ценностям, личной свободе и духу новаторства, и сыграл важную роль в образовательной системе стремительно развивающегося региона. Сегодня АУЦА продолжает двигаться вперед, предлагая образовательные программы, которые соответствуют международным стандартам и учитывают потребности региона. Это делает университет не только лидером в Центральной Азии, но и значимым игроком на глобальной образовательной арене.